Tras su corto paso por Instituto de Córdoba, el DT suena cómo posible reemplazo de "El Traductor" luego de una serie de malos resultados.
Pedro Troglio, un nombre sinónimo de momentos trascendentales en la historia del Club de Gimnasia y Esgrima La Plata, dirigió al Lobo en tres etapas distintivas que abarcaron desde la épica gesta del ascenso hasta la angustiante batalla por la permanencia en la máxima categoría, pasando por la euforia de clasificaciones a competiciones internacionales y la histórica participación en una final de Copa Argentina. Su legado se cimenta en la conducción de 284 partidos, dejando estadísticas que definieron una era en la institución albiazul.
Su primer ciclo al frente del equipo platense se inició el 2 de abril de 2005, tras una breve experiencia en Godoy Cruz en la Primera B Nacional. En su debut como director técnico del Lobo, Troglio tomó las riendas de un equipo seriamente comprometido con el descenso, pero con su liderazgo logró no solo estabilizar la situación deportiva, sino también transformarlo en un protagonista del fútbol argentino.
Bajo la batuta de Troglio, Gimnasia protagonizó una destacada pelea en el Torneo Apertura 2005, logrando una meritoria clasificación a la Copa Libertadores 2006. Ese mismo año, sufrió la dolorosa derrota en el clásico platense por 7 a 0 ante Estudiantes, un resultado que quedó grabado en la memoria de los hinchas. Sin embargo, este primer período se extendió hasta marzo de 2007, acumulando un total de 85 partidos dirigidos, con un balance positivo de 38 victorias, 16 empates y 31 derrotas.
Su segunda etapa en el club comenzó el 9 de octubre de 2011 y se erigió como la más extensa de sus tres ciclos. Asumió el desafío con el equipo militando en la Primera B Nacional y concretó la anhelada misión de devolverlo a la máxima categoría del fútbol argentino. No solo consolidó al Lobo en la Primera División, sino que además lo reinstauró en la pelea por la obtención de plazas para competiciones internacionales. Durante este período, que se extendió hasta 2016, Troglio dirigió un total de 174 encuentros, cosechando 73 victorias, 52 empates y 49 derrotas.
Su último regreso al banco de suplentes de Gimnasia se produjo el 21 de julio de 2018. En esta tercera etapa, mucho más breve que las anteriores, dirigió un total de 25 partidos, con un saldo de 8 triunfos, 6 empates y 11 derrotas. Si bien los resultados deportivos no lo acompañaron en esta ocasión, dejó una página imborrable en la historia reciente del club: la recordada final de la Copa Argentina. En esa edición, Gimnasia estuvo a un paso de alzar el trofeo, pero finalmente cayó en la definición por penales frente a Rosario Central.